Universität Düsseldorf: sybil

Die großartige Software für das Anpassungsprogramm wird in Delphi hergestellt

FittingKVdm ist ein benutzerfreundliches iteratives Kurvenanpassungsprogramm mit einem einzigartig verbesserten Algorithmus: „Multidirektionale Regressionsanalyse“. Die Software vermittelt den Schülern ein Verständnis dafür, warum der Body Mass Index immer falsch als m / h² anstelle von m / h³ definiert wurde.

Die Software enthält Beispiele aus der Praxis. Sie können die Software herunterladen und 25 Tage lang kostenlos testen, indem Sie auf der FittingKVdm-Website auf den Link „25 Tage testen oder kaufen“ klicken.

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FittingKVdm

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Die 12 besten Mac-Entwicklertools (zu verwenden) im Jahr 2021

Was den Mac zu einer so großartigen Entwicklungsplattform macht, sind wahrscheinlich all die erstaunlichen macOS-Entwicklertools, die er unterstützt. Die richtigen Tools sind für jeden Programmierer von entscheidender Bedeutung, da damit alle Arten von leistungsstarken Apps erstellt werden können, damit Benutzer auf iPhones, iPads, Apple TVs oder Macs produktiv und unterhalten bleiben können. Angesichts der Vielzahl dedizierter Mac-Lösungen ist es heute nicht immer einfach, das Tool auszuwählen, das für das eine oder andere Projekt am besten geeignet ist.

In diesem Artikel bieten wir einen Überblick über die am häufigsten verwendeten Mac-Entwicklertools, die sowohl Anfängern als auch erfahrenen Entwicklern das Leben erleichtern. Wir hoffen, dass Ihnen unser kurzer Überblick über die 12 besten Entwicklertools für Mac dabei helfen wird, ein Dienstprogramm zu finden, das gut zu Ihrem Workflow passt und Ihr Entwicklungsprojekt reibungslos verläuft.

Universität Düsseldorf: sybil

Das Paket sybil ist eine Systembiologie-Bibliothek für GNU R, und implementiert Algorithmen für die beschränkungsbasierende Analyse metabolischer Netzwerke. Neben anderen Funktionen bietet sybil derzeit effiziente Methoden zur Flussbilanzanalyse (FBA), Minimierung der Stoffwechseleinstellungen (MOMA), regulatorische on/off Minimierung (ROOM), Flussvariabilitätsanalyse und Robustheitanalyse an. Sybil nutzt die Sparse Matrix Umsetzung des R-Pakets Matrix.

Download

Sybil ist erhältlich auf CRAN.

Eigenschaften

Flux-Balance Analyse (FBA)

Minimierung von Stoffwechseleinstellungen (MOMA)

Regulatorische on/off Minimierung (ROOM)

Simulation von Gen-Knockouts (single, double, n)

Flux Variability Analyse

Robustheits Analyse

Einlesen von SBML Dateien

Einlesen des Outputs der BiGG Datenbank

Schnittstelle für mathematische Programmiersoftware: GLPK, COIN-OR Clp, IBM ILOG CPLEX, lp_solve und Gurobi

Einstellen oder Ändern aller Parameter der mathematischen Programmiersoftware

Erweiterbar mit neuen Algorithmen durch objektorientierte Programmierschnittstelle

Zitieren

Das Paket sybil in Publikationen zitieren:

Gelius-Dietrich, G., Amer Desouki, A., Fritzemeier, C.J. and Lercher, M.J. “sybil – Efficient constraint-based modelling in R”. BMC Systems Biology, 2013. 7:125.

doi:10.1186/1752-0509-7-125

Artikel:

Zusatzpakete

sybilSBML

Das Paket sybilSBML ist eine Erweiterung für sybil um Dateien im SBML Format zu verarbeiten.

Das Paket kann auf Windows, Mac OS und Linux installiert werden. Lizenz-Informationen sind im Quellcode-Paket enthalten.

Windows 10, 64-bit

Für Windows 10, 64-bit gibt es hier eine Binary-Version des Pakets, welche auf die zusätzlichen Funktionen der libSBML FBC und Groups Plugins zugreifen kann, da sie mit den entsprechenden Build-Optionen kompiliert wurde. Die Binary-Version des Pakets wurde mit der statischen Library von libSBML gebildet, so dass eine zusätzliche Installation der libSBML-Software nicht erforderlich ist.

sybilSBML_3.1.3.zip Windows 10, 64-bit Binary Version

Die Binary-Version lässt sich installieren, in dem man unter Windows 10 in der GNU R Umgebung folgende Befehle eingibt (Passen Sie den hier beispielhaft verwendeten Dateipfad auf den korrekten Pfad der .zip Datei an):

install.packages("sybil")

install.packages("C:/Users/traes/Desktop/sybilSBML_3.1.3.zip", repos = NULL)

Soll das Quellcode-Paket für Windows installiert werden, ist der Vorgang etwas umfangreicher, da er die Installation des Windows Toolsets (Rtools40), der libSBML-Source Distribution, sowie die Anpassung von Umgebungsvariablen und die Installation des Quellcode-Pakets erfordert.

Das Dokument Installing_sybil_and_sybilSBML_on Windows_10_64bit.pdf enthält Beispiele für die Installation des Binary- und Quellcode-Pakets unter Windows 10, 64-bit.

Mac OS 11 (Big Sur)

Für Mac OS 11 (Big Sur) gibt es hier eine Binary-Version des Pakets, welche auf die zusätzlichen Funktionen der libSBML FBC und Groups Plugins zugreifen kann, da sie mit den entsprechenden Build-Optionen kompiliert wurde. Die Binary-Version des Pakets wurde mit der statischen Library von libSBML gebildet, so dass eine zusätzliche Installation der libSBML-Software nicht erforderlich ist.

Mac OS 11 (Big Sur), Binary-Version

Die Binary-Version lässt sich installieren, in dem man unter Mac OS in der GNU R Umgebung folgende Befehle eingibt (Passen Sie den hier beispielhaft verwendeten Dateipfad auf den korrekten Pfad der Datei an):

install.packages("sybil")

repos = NULL)

Soll das Quellcode-Paket für Mac OS installiert werden, ist der Vorgang etwas umfangreicher, da er die Installation der libSBML-Source Distribution, die Anpassung von Umgebungsvariablen und Systemeinstellungen und die Installation des Quellcode-Pakets von sybilSBML erfordert.

Das Dokument Installing_sybil_and_sybilSBML_on Mac_OS_11.pdf enthält Beispiele für die Installation des Binary- und Quellcode-Pakets unter Mac OS 11 (Big Sur).

Linux

Soll das Quellcode-Paket für Linux installiert werden, ist die Installation der libSBML-Software, sowie die Installation des Quellcode-Pakets von sybilSBML erforderlich.

Das Dokument Installing_sybil_and_sybilSBML_on Debian_10.pdf enthält Beispiele für die Installation des Quellcode-Pakets unter Debian 10 (Buster).

sybilGUROBI

Das R-Paket sybilGUROBI stellt das R-interface von Gurobi für sybil zur Verfügung.

Quellcode Paket

cplexAPI

Das R-Paket cplexAPI stellt ein R-interface für IBM ILOG CPLEX zur Verfügung. cplexAPI ist erhältlich auf CRAN.

Alle Pakete sind mit R version 2.15.3. kompatibel.

Sybil, sybilSBML, sybilGUROBI und cplexAPI sind Non-Profit Projekte. Sie sind unter der GNU General Public License (GPL 3) veröffentlicht.

Kontakt:

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